年（1280），立都功德使司“掌奏帝师所统僧人并吐蕃军民等事”（《元史·世祖纪》）。至元二十五年（1288），援引唐制吐蕃来朝见于宣政殿的典故，总制院更名为宣政院。西藏为宣政院辖地，下设乌斯藏宣慰司、朵甘斯宣慰司等统属。元朝对黑龙江边远地区的水达达、女真人，在辽阳行省之下设合兰府、水达达路等，各仍其俗，随俗而治，以相统摄。四川行省设上罗计、下罗计等长官司和四十六囤蛮夷千户所等，以管辖“诸部蛮夷”云南诸路行省设丽江路军民宣抚司、大理金齿等处宣慰司都元帅府、乌撒乌蒙宣慰司；湖广行省设管番民总管、海北海南道宣慰司、八番顺元蛮夷官、沿边溪洞宣慰使司等，设蛮夷官，分别治理当地少数民族。元朝中央还设有都护府“掌领旧州城及畏吾儿之居汉地者，有词讼则听之”至元十一年（1274）“初置畏吾儿断事官”十七年“改领北庭都护府”

明朝恢复鸿胪寺，并设过九关通事、外夷通事等官，掌少数民族事务。还设有提督四夷馆，掌国内外各种民族文字的“译书之事”从永乐五年（1407）起，设蒙古、女真、西番、西天、回回、百夷、高昌、缅甸八馆，置译字生、通事，翻译语言文字。正德年间（1506～1521），增设八百馆；万历年间（1573～1619），又增设暹罗馆。明朝在全国分置十三个布政使司，分领天下府州县及羁縻诸司。“又置十五都指挥使司以领卫所番汉诸军，其边境海疆则增置行都指挥使司”在少数民族地区，行政区划主要有三种形式：①沿袭唐制，设羁縻之府十九、州四十七、县六。②推行土司制，全国有土官宣慰司十一，宣抚司十，安抚司二十二，招讨司一，长官司一百六十九，蛮夷长官司五。③在西藏设朵甘乌斯藏行都指挥使司，并广封当地佛教各派法王。

清朝设鸿胪寺，但只管朝会、宾飨赞相礼仪，不管民族事务。中央设管理民族事务的理藩院，其职位与六部等同。理藩院的机构和职责是逐步扩大的。清入关前，崇德元年（1636）便设蒙古衙门，专理蒙古事务。蒙古各部尽归服于清之后，崇德三年（1638）蒙古衙门改名为理藩院，以后其职权扩大为全面管理全国的民族事务。从咸丰五年（1855）起，理藩院与礼部协同，分管一部分外交事务。光绪三十二年（1906），理藩院更名为理藩部。理藩院的主要机构有6个：①旗籍清吏司，掌考内扎萨克（即内蒙古）的二十四部四十九旗疆里“畴封爵，辨谱系。凡官属、部众会盟，军旅邮传，并隶治之”；同时，还兼稽归化城土默特、黑龙江布特哈等游牧内属各部。②王会清吏司“掌内扎萨克宾礼，典朝觐、贡献仪式。凡飨赉、馆饩，视等级以为差”③典属清吏司，掌包括外蒙古、青海蒙古及新疆金山、天山之间各部在内的“外扎萨克”各部旗封爵、置邮驿、颁屯田、互市政令；同时兼稽游牧内属的察哈尔、额鲁特、乌梁海、哈萨克等部。④柔远清吏司“掌治外扎萨克众部，凡嘛、番僧禄廪、朝贡，并司其仪制”⑤徕远清吏司“掌回部扎萨克、伯克岁贡年班”及四川土司之政令，并掌回城卡伦外各民族的职贡。⑥理刑清吏司“掌蒙古、番、回刑狱诤讼”（《清史稿·职官二》）。理藩院的直属机构还有：“主章奏文移”的蒙古译房；“主宾馆缮完除”的内馆、外馆，为培养熟谙蒙文、藏文、托忒文人才的蒙古官学，唐古特学和托忒字，编拟理藩院则例的则例馆等。